在神奇宝贝中有一个探索系统让玩家大呼过瘾，意思就是要玩家自行去探索发觉，而且系统还不会给玩家提示进入该系统的方式。在游戏前期，探索系统给玩家所提供那是相当大的。在游戏前期，玩家资源匮乏。就算是一些比较低级的防具，饰品甚至魂石，对玩家提升战力也是帮助很大的。可以这么说玩家获得第一笔资源都是要来源这个探索系统了。

　　如上图所示，房间2个箱子，也没系统提示，也没任何标记。需要玩家按照自己的理解去自行寻找发现。当发现了一些可探索的物品时，只需走到跟前，然后再去点击屏幕当中的模拟按键就能开启这个探索的物品了。目前小编18级，可探索的目标一共才只有3种，一种就是上图所标记的银色箱子，一种是与幻兽蛋类似的蛋状物品，最后一种是NPC。

　　当玩家在遇到游戏当中的NPC是没有任何的提示也没有相关的指引，当玩家在点击这个NPC的时候就会弹出相应的对话，对话完成后，便可挑战他。当然，玩家在挑战这个NPC获胜之后就能得到一定的奖励。需要说明的是，玩家去对NPC可以进行无限次次数的重复挑战了，但玩家只在第一次挑战胜利之后才会得到奖励。再次挑战之后，只有经验金币。

　　如NPC一样，对于其他2种玩家可以探索的道具一样，也可探索一次。不同的是，这些可探索的道具在玩家探索完毕就会立马消失，重新登录后，不会再次刷新。